研究院具有自主创新引领能力，通过国际先进的微生物分离、培养及评价技术，发现、鉴定并保存具有开发价值的微生物多样性资源。

　　生态组学菌种资源挖掘技术：高效分离微生物，可以比传统分离培养技术多得到10倍以上微生物物种数量，从而得到更多珍稀独有的微生物资源。

　　生物高通量筛选技术: 基于生态适应性原理，避开单一菌株筛选的劣势，在深度的微生物组研究和数据挖掘的基础上通过对目标菌群的富集，高通量筛选具有关键生物活性的菌株和菌群。

　　液体高密度发酵技术：通过系统、精准研究不同细菌对需氧量、温度、pH值、碳源、氮源及微量营养元素等的需求，设计开发了新的发酵装置和流程，规模化发酵生产高质量的液体菌种。

　　中温减压干燥与微胶囊包被结合技术：领先剂型让微生物在种子/固体表面形成稳的微膜包衣，抵御不良理化因子对微生物的伤害，益生菌包被率接近90%，大大提高了其耐受能力和保存周期，提高微生物产品的稳定性和货架期。